Je šachovým veľmajstrom, no vo svojich knihách sa nevenuje len šachu, ale aj kritickému mysleniu, etickým dilemám či vzťahu medzi telom a mysľou. Napriek tomu, že pochádza z vedeckej rodiny a vedu uznáva, vo svojej najnovšej knihe Bližšie k sebe Ján Markoš tvrdí, že existuje územie, na ktoré veda nemá právo a že veľa ľudí sa nechce dať zaočkovať práve preto, že majú pocit, že im veda príliš vstupuje do ich súkromného sveta.