Ján Prokop prežil mladosť v agresívnej atmosfére slovenského štátu. Kvôli účasti na vysokoškolskej akcii ho zatkli a vyšetrovali. Bol 9 rokov väznený v Leopoldove a neskôr v Jáchymove. Po dlhých rokoch čakania sa oženil so svojou snúbenicou, s ktorou mali dvoch synov. Popri práci sa tajne venoval akustike a ozvučil štyridsaťjeden kostolov na Slovensku.