CHKO Záhorie tvoria dve výrazne odlišné časti – lužné lesy pri rieke Morava a borovicové lesy na pieskoch Záhorskej nížiny. Správa CHKO sa  stará aj o rezervácie mimo svojho hlavného územia. Napríklad o tok poslednej divokej nížinnej rieky Rudava. O týchto prírodných hodnotách aj rizikách, ktoré ich ohrozujú, sa rozprávala Soňa Mäkká s riaditeľom Tomášom Olšovským.